孟德尔随机化分析如何增加样本的交集工具变量数

在孟德尔随机化分析中，获取样本间的交集工具变量是前提，如果交集工具变量数量过少甚至没有，则都无法成功执行后续的分析。

增加交集工具变量的方法有：

（1）扩大暴露样本SNP的P值，即扩大显著性阈值，最大可以设置为0.05，科学计数法的表示为5e-2

（2）调整基因连锁阈值，在排除基因连锁的SNP时，默认的参数可能会删除大量的SNP。可以增大R2的切点，例如设置为0.01；连锁距离可以缩小，从而减少判定为连锁的SNP，例如连锁距离可以设置为1000，5000，100等

（3）如果有MAF阈值参数，则可以缩小MAF阈值，例如设置为0.005

（4）调整SNP工具变量的严格程度，分为三个等级，1最宽松，3最严格

（5）注意读取遗传位点数据的时候，设置SNP的P值阈值属于初步筛选，如果在读取的时候就设置了5e-8这么严格的阈值，则后续分析使用的SNP的P值都是小于5e-8的，这个点需要注意

（6）如果以上的方法尝试后还是无法得到足够的SNP成功进行MR分析，说明所选择的两个样本的数据集本身交集的SNP就不多，则应该考虑更换不同样本的数据集