批量去除连锁不平衡:Error in file(file, “rt”): cannot open the connection

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报错原因:

plink分析SNP关联的结果无法写出到计算机,可能的原因有很多,以下为常见原因

(1)plink的版本与计算机不兼容,在windows系统中分为32位和64位

(2)plink的写出权限不足(与计算机有关)

(3)windows的temp目录的写入权限不足(与计算机有关)

 

解决方法:

(1)检查计算机系统的最大处理位数,是32或者64,到plink官网下载对应的版本,https://www.cog-genomics.org/plink2/

(2)找到plink.exe,右键-属性-安全,Authenticated Users的权限应该包含完全控制,写入,写出等权限

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(3)找到C盘的Temp目录(如下),右键-属性-安全,CREATOR OWNER的权限应该包含写入权限,

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(3)以上权限配置修改完后重新尝试运行连锁分析,如果还是出现该错误,则表明该计算机的安全策略不适合plink,只能更换计算机使用

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